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在繁华的现代都市中，隐藏着一位身怀千年医术的古仙医传人——叶轩。他外表平凡，却拥有能起死回生的绝世医术，因一场意外从深山古洞苏醒，带着失传已久的《太乙神针》秘术踏入红尘。
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叶轩初入都市便遭遇车祸现场，以金针封穴救下濒危伤者，这一幕被路过的医学世家千金苏沐雪目睹。她震惊于这种违背现代医学理论的救治手法，开始暗中调查这位神秘青年，却不知自己家族的百年顽疾正需要这种失传医术。
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随着剧情展开，叶轩在开设中医诊所的过程中，接连治愈各种现代医学束手无策的疑难杂症：用"九转还魂丹"救活脑死亡患者，以"五行推拿术"化解基因突变毒素。每次出手都引发医学界震动，却也引来跨国医药集团的忌惮。
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暗线中，叶轩逐渐发现自己的苏醒并非偶然。千年宿敌"毒尊"一脉已在都市潜伏，正通过基因改造技术培育剧毒生物。当年导致仙医门覆灭的瘟疫阴谋，正在现代都市重演。
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当苏沐雪被毒尊门徒劫持，叶轩在暴雨夜独闯摩天大楼。金针与毒镖的对决间，他首次施展禁术"逆天八针"，以二十年阳寿为代价逆转生死。这场对决揭开了更大的阴谋——毒尊企图用现代科技复生上古瘟神。
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最终决战在都市地下的千年古墓展开，叶轩联合现代医学团队，将仙术与科技融合，创造出克制瘟神的"阴阳疫苗"。当古法针灸遇上纳米机器人，这场跨越千年的医毒对决，终在东方明珠塔顶画下句点。
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故事尾声，叶轩选择隐姓埋名继续游医都市，只在每个满月之夜，于最高处眺望那座曾发生决战的灯塔。苏沐雪继承家族医院，暗中为他提供特殊病例，两人保持着默契的距离，延续着这场现代与古典交织的医道传奇。